Община Пантелеимоновской церкви города Белокуриха была основана ещё в 1989 году архимандритом Ермогеном (Росицким), и в 1990 году официально зарегистрирована.

10 марта 1990 года началось строительство Пантелеймоновского храма. Бригаду строителей возглавлял Иван Григорьевич Тацинюк.

7 июня 1990 года приехал назначенный указом епископа Вадима (Лазебного) (временно управляющего Новосибирской и Барнаульской епархией) иерей Сергий Ходаковский. К этому времени уже была выполнена кирпичная кладка до окон.

7 июля 1990 года состоялось первое богослужение.

В 1991 году строители приступили к внутренней отделке храма. Иконы для иконостаса были написаны в городе Киеве Сергеем Викторовичем Вандаловским.

8 августа 1992 года храм был освящен епископом Новосибирским и Барнаульским Тихоном (Емельяновым).

В ноябре 1998 года по благословению епископа Барнаульского и Алтайского Антония (Масендича) освящен второй престол в честь Всех преподобных отцов Киево-Печерских.

На территории храма два родника, один из которых известен уже более 100 лет под названием "Глазной".